Cuarentena Agropecuaria dentro del Terminal de Carga es la entidad encargada de vigilar y ejecutar los trámites relacionados con la sanidad animal, vegetal, y todos sus derivados, además de agroquímicos, productos biológicos o biotecnológicos para uso veterinario; así como productos  químicos y alimenticios para uso y consumo animal o uso agrícola, incluyendo los embalajes, que se encuentren listos para su importación, tránsito, trasbordo o exportación, también cuando sea necesario, son los encargados de ordenar la limpieza y desinfección de toda aeronave que ingrese al país.